谈判过程异常艰难，“星渊族”对于混沌能量的渴望极为强烈，他们提出了一些在联盟看来过于激进的合作方案，比如要求直接接管混沌能量的研究和控制权。而联盟则坚持要在保障自身安全和宇宙和平的前提下，逐步探索合作的可能性。

与此同时，陈风带领的联盟军队在联盟内部展开了一场大规模的清剿行动。那些与“星渊族”勾结的势力被一一揪出，他们的阴谋被挫败。但在清剿过程中，也发现了一些意想不到的情况。这些势力背后似乎隐藏着一个更大的组织，这个组织一直在暗中操纵着联盟内部的各种矛盾和纷争，试图削弱联盟的实力。

“看来我们面临的不仅仅是‘星渊族’的威胁，还有来自联盟内部更深层次的隐患。”陈风在向林宇汇报时说道。

随着谈判的僵持，“星渊族”开始失去耐心。他们在联盟周边的行动变得更加频繁和具有挑衅性。一场冲突似乎一触即发。

在这紧张的时刻，苏瑶在对“星渊族”飞船的持续研究中发现了一些关键线索。她发现“星渊族”飞船上的能量核心与混沌能量之间存在一种微妙的联系，这种联系或许可以成为打破僵局的关键。

“如果我们能够利用这种联系，或许可以找到一种让双方都能接受的合作方式，同时也能更好地控制混沌能量。”苏瑶在谈判间隙向林宇和其他代表团成员说道。

林宇决定让苏瑶在谈判中提出这个新的思路。当苏瑶向“星渊族”代表阐述了她的发现和合作设想后，“星渊族”代表陷入了沉思。

经过一番内部讨论，“星渊族”代表终于给出了回应。他们表示愿意在苏瑶提出的方案基础上，重新考虑与联盟的合作。

根据苏瑶的设想，双方将共同建立一个联合科研基地，位于联盟与“星渊族”势力范围的中间区域。在这个基地中，双方科研团队将携手研究混沌能量与“星渊族”飞船能量核心之间的联系，探索一种更加安全、有效的能量利用方式。同时，联盟将加强对混沌能量的监管，确保其不会被滥用。

然而，就在双方即将达成合作协议之时，联盟内部再次出现变故。那些被清剿的势力的残余分子，不甘心失败，他们发动了一场突然袭击，目标直指联盟总部。

“不好，总部遇袭！”林宇收到消息后，立刻中断谈判，带领代表团成员火速赶回联盟总部。陈风也迅速调遣军队，回援总部。

当他们赶回总部时，发现总部已经陷入一片混乱。残余势力的攻击极为猛烈，他们使用了一种新型的能量武器，能够突破联盟总部的部分防御系统。

“全体坚守岗位，务必击退敌人！”林宇通过通讯频道向总部的防御部队下达命令。联盟军队与残余势力展开了激烈的战斗。

在战斗的关键时刻，苏瑶突然想到了一个办法。她利用对“星渊族”飞船能量核心与混沌能量联系的初步研究成果，临时开发出一种干扰装置，能够扰乱残余势力新型武器的能量供应。

“快，将干扰装置部署到战场！”苏瑶说道。干扰装置被迅速投入使用，残余势力的武器果然受到影响，威力大减。联盟军队趁机发动反攻，终于成功击退了残余势力的袭击。

经过这场波折，联盟与“星渊族”的合作谈判更加谨慎。但双方都意识到，在当前复杂的局势下，合作或许是唯一的出路。

最终，在经过多轮艰苦的谈判和协商后，联盟与“星渊族”终于达成了合作协议。联合科研基地开始紧锣密鼓地建设，宇宙中两大势力的合作正式拉开帷幕。然而，前方的道路依然充满未知，联盟能否在与“星渊族”的合作中确保自身的安全和发展，又能否解开混沌能量更深层次的奥秘，一切都还是未知数。而联盟内部隐藏的那个神秘组织，依然像一颗定时炸弹，随时可能给联盟带来新的危机……

随着联合科研基地的建设推进，来自联盟和“星渊族”的科研人员开始陆续进驻。基地的设计融合了双方的科技理念，巨大的圆形建筑主体漂浮在太空中，周围环绕着各种先进的科研设备和防御设施。