淮安是沿海重镇，其所属盐城，庙湾都是海防前线。淮安又是漕运要道，因而成为倭寇骚扰的重要目标。每遇东南风，倭寇即飘洋而来，由庙湾窜犯淮安，奸淫杀戮，淮安当地百姓受尽了苦难。

倭寇闹得最凶的时候，正好是沈坤在家为母丁忧的那几年。嘉靖三十四年五月，倭寇由日照南来，经赣榆、沭阳、桃源至清河，“流害千里，杀戮千余。”三十五年秋，沈坤刚到家，倭寇就在瓜洲焚烧了一批漕运的官船。

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第二年春，倭寇又从如皋、海门上来，抢掠南通、扬州、高邮、宝应、淮安等地。五月，另一路倭寇由天长、盱眙、抢掠泗州、淮安。

这几年中倭警不断，偏偏又不断闹着水灾，淮安百姓极端困苦。淮安当时还驻扎着淮安、大河两个卫，淮安卫七个千户所，大河卫五个，按编制兵力应有一万三千余人。

而且还有镇守淮安的总兵、参将，军事力量算得上是雄厚的，抵御这些小股倭寇，按道理说应该是绰绰有余的。但因为当时朝中党争不休，很长时间都不能讨论出一个有效的应对方案，再加上兵丁们在平时又缺少应有的训练，导致这些官兵根本不能打仗，临阵一触即溃。

本来漕运总督兼淮安、风阳、庐州、扬州四府巡抚，这里发生军事问题，照例需要其领兵打仗。但由于存在倭警，为了保证漕运畅通，漕运总督根本顾不上巡抚地方，更谈不上组织抗倭了。

后来，朝廷为了解决这个问题，又专门单设了淮安巡抚一职，并指派一名文官来淮任职，全权负责抗倭一事。

而大明的文官也就那么一回事，虽然其号称知兵，但主要还是停留在理论上，因此一旦进入实战之后，自然就是造成一次又一次的失利了，这使得淮安的百姓们非常失望，大家都希望能有一位真正的英雄人物，率领一支神兵来救国安民。

面对这一现实，沈坤也是十分的感慨，他既痛恨官兵之腐败无能，又无限同情百姓所遭受的灾苦。国家兴亡，匹夫有责嘛，沈坤感到这正是自己为国家为当地百姓出力的时候了。

于是，沈坤在完成了安葬事宜之后，就毅然决定拿出自己家的全部积蓄并变卖了大部分家产，树起了抗倭大旗。他先是招募了一千多名青壮年，并亲自组织训练，把他们变成一支英勇善战的抗倭乡兵。真要说起来，沈坤的这一壮举，比戚继光组建戚家军还要早上一年多时间。

沈坤的乡兵大营设在新城，在新城、河下设立路障，并派人日夜巡逻。同时还建了不少的岗楼，楼下可以藏兵，楼顶上又可以安排人进行了望，发现情况后立即发出警报，这些岗楼被称为“御倭屯了所”。

白天，沈坤在新城内练兵，夜晚的时候他又独居城外，负责巡视敌情。期间，沈坤经常教导他部下的那些乡兵伞，为了保卫大明江山，保卫自己家园，一定要在平时加紧训练，在战时英勇杀敌，这样即使战死了也是十分光荣的。

在沈坤的严格训练和不时的思想教育下，所有乡兵都做到了纪律严明、令行禁止、雷厉风行、英勇善战，因此也就打了许多大胜仗。

在淮安一带的抗倭行动取得阶段性胜利以后，沈坤将姚家荡战场的倭寇尸体弄到一起，挖了一个个深坑进行集中埋葬，上面筑起高墩，把它取名为“埋倭山”，也有人称之为“埋倭墩”，用以激励和警示当地的百姓以及后人。

鉴于沈坤在抗倭一事中所做出的突出贡献，嘉靖三十八年，皇帝下达圣旨，欲任命沈坤为北京国子监祭酒。但是，沈坤还未及赴任，就吃了一场冤枉官司，被逮入诏狱。

沈坤受诬下狱主要由两个方面的原因造成的，一是因沈坤天生聪明能干，才能出众且又“任气违俗”，说话做事绝不随波逐流，不轻易附和别人的意见，非常讨厌阿谀奉承吹牛拍马。所以就难免就会招人嫉妒或仇视，正如俗语所说的“皎皎者易污，挠挠者易折”。

二是因为沈坤在训练乡兵的过程中，是要以军法来进行约束的，自然就要得罪到一些人，如果是官府的军队还好，别人无法随意的进行指责和抱怨。

但沈坤的乡兵却属于“民办”性质的，那些因犯错而受到过军法处罚的人，就会永远记住你对他的军纪制裁。

同时，鉴于官府方面的一些不作为行为，沈坤在安排巡逻防守、打仗杀敌的时候，也难免与官府发生一些摩擦，这些都是造成他后来被诬陷下狱的原因。